目前临床细菌实验室的工作内容大致有3类：

第一类是检出细菌的实验，包括标本直接涂片检查和细菌分离培养。现代的细菌感染，混合菌较常见，一份标本中，会有2种以上细菌存在，如果是厌氧菌感染，细菌可达5种以上。无论标本直接涂片检查还是分离培养，检验结果必须如实反映感染病灶中细菌的真实情况。

第二类是鉴定细菌的实验。过一系列生理生化及形态学、血清学的手段来鉴定病原菌。目前，已知与人类感染有关的细菌有上千种，常规实验室经常可以分离到的也有几十种。

第三类是药敏试验。有稀释法和纸片法两种试验。稀释法药敏试验是半定量的实验。纸片法药敏试验以敏感或耐药的形式报告结果，属于定性的实验，但实验过程中测量抑菌环是定量的指标。